本計畫以世界各國大學為主要對象，首先進行目標學校之篩選，再利用書目計量學之方法，透過檢索ESI (Essential Science Index)、WOS (Web of Science)與JCR (Journal Citation Reports)資料庫，獲取並計算目標學校理工農學門之各指標數據。

在挑選各學門世界大學的目標名單上，由於論文發表量與論文被引次數可反映一機構之整體學術研究能量成果，除沿用六大領域之目標學校，另加上理工農十三學門於WOS論文數(papers) 及被引次數 (citations) 排序表現較為優秀之前四百大學校，作為理工農學門之目標篩選，以進行各學門表現之計算。

經篩選作業後，物理學門總共篩選511所學校、化學學門總共篩選526所學校、數學學門總共篩選519所學校、地球科學學門總共篩選517所學校、電機學門總共篩選520所學校、資訊學門總共篩選508所學校、機械學門總共篩選522所學校、化工(含能源)學門總共篩選512所學校、材料科學學門總共篩選521所學校、土木(含環工)學門總共篩選519所學校、農業科學學門總共篩選544所學校、生態/環境學學門總共篩選537所學校，及植物與動物科學學門總共篩選539所學校。

在進行目標學校檢索時，對於各校進行嚴謹的權威控制(authority control)， 並對以下情形分別處理之。當年及近二年數據由本計畫檢索WOS資料庫，下載相關資料後進行內部計算；理學與農學學門的近十一年數據、高被引數據取自ESI資料庫。工學學門由於學門分類與ESI不同，其近十一年數據、高被引數據皆必須由本計畫檢索WOS資料庫，下載相關資料後進行內部計算而得之。

ESI未進行主校區與其他校區的分別，如伊利諾大學(University of Illinois)，本計畫則將該校按文章所屬地址分成香檳校區(University of Illinois at Urbana-Champaign)，與芝加哥校區(University of Illinois at Chicago)等校區，並於WOS上檢索、下載、計算各校區十一年論文數及被引次數。高被引文章亦根據文章所屬地址辨別校區。