本計畫以世界各國大學為主要對象，首先進行目標學校之篩選，再利用書目計量學之方法，透過檢索ESI (Essential Science Index)、WOS (Web of Science)與JCR (Journal Citation Reports)資料庫，獲取並計算目標學校之各領域指標數據。

在挑選世界大學各領域的目標名單上，由於論文發表量與論文被引次數可反映一機構之整體學術研究能量成果，因此目標學校以ESI論文數 (papers)及被引次數 (citations) 排序表現較為優秀之前四百大學校，作為各領域之目標篩選，剔除研究機構後僅留下大學及授予碩士以上學位之教育單位，同時參考相關評鑑單位之領域世界大學名單，如上海交大、THE及QS等，挑選出表現較為優異之學校。

經篩選作業後，農學領域總共選取536所學校、臨床醫學領域總共選取546所學校、工學領域總共選取506所學校、生命科學領域總共選取523所學校、理學領域總共選取518所學校，及社會科學領域總共選取528所學校，各自進行領域評比作業。

利用WOS針對目標學校進行近二年及當年論文檢索時，對於各校進行嚴謹的權威控制(authority control)，盡量完善處理在WOS資料庫中各校所有可能的檢索款目及縮寫名稱，並考慮併校、分校之情形，同時納入該校之相關研究單位、合作機構與附屬醫院，以避免遺漏各校所發表的論文篇數及排除非該校所發表之論文篇數。

若ESI未進行主校區與其他校區的分別，如伊利諾大學(University of Illinois)，本計畫則將該校按文章所屬地址分成香檳校區(University of Illinois at Urbana-Champaign)與芝加哥校區(University of Illinois at Chicago)等校區，並於WOS上檢索、下載、計算各校區十一年論文數及被引次數。高被引文章亦根據文章所屬地址辨別校區。